Preesistente alla struttura attuale, la Chiesa di San Siro era una delle tre chiese “fuori le mura”. Ricostruita entro la cerchia muraria, forse verso il 1000, e probabilmente ampliata e rimaneggiata in epoca non precisabile, porta alcune date sicure, inerenti ad affreschi e altre opere e a fatti storici come il Trattato di pace tra Pavia e Tortona, stipulato alla presenza del Barbarossa in Santa Maria nel 1165, che indica una dipendenza della chiesa dalla diocesi di Pavia.