Il museo è allestito nelle sale di Palazzo Lercari, edificato nel 1727 dal cardinale Nicolò Maria Lercaro, segretario di papà Benedetto XIII.
L’itinerario museale si sviluppa in tre piani espositivi, lungo il quale sono presentati reperti archeologici, opere e suppellettile liturgica, databile dall’epoca romana Imperiale al XX secolo.