Figlio di un direttore di banca, di origine ebraica, Jan Saudek nasce a Praga. Durante la II guerra mondiale, la sua famiglia viene deportata nel campo di concentramento di Theresienstadt, dove moriranno alcuni dei suoi fratelli.
Dopo la guerra comincia a dipingere e disegnare. Nel 1950 viene assunto presso una tipografia e dal 1954 al 1956 assolve gli obblighi di leva. Nel 1958 sposa Marie che, l’anno seguente, gli regala la prima vera macchina fotografica: una Flexaret 6x6.
Nel 1963, ispirato dai lavori di Edward Steichen e dal catalogo della famosa esposizione da lui curata The Family of Man, decide di diventare fotografo professionista.
Nel 1969 si reca per la prima volta negli Stati Uniti, dove il curatore dell’ Art Institute of Chicago, Hugh Edwards, lo incoraggia a continuare nella professione di fotografo e all'università di Bloomington, nell'Indiana, inaugura la sua prima mostra personale.
Tornato a Praga, è costretto a lavorare in uno scantinato per evitare il controllo della polizia. Le sue prime fotografie sono stampate in bianco e nero o virate seppia. Verso la metà degli anni Settanta, su pressione dei suoi estimatori, prende la decisione di colorare ad acquerello le sue stampe in bianco e nero, dando vita ad uno stile particolare ed inconfondibile.