Con l’adozione dell’attuale regolamento di funzionamento, nel 2008 l’istituto museale prende il nome di “Museo Civico delle Cappuccine”, sottolineando così la memoria storica dell’antica sede delle RR.SS. Cappuccine. Negli ultimi anni il museo ha iniziato un lento programma di adeguamento museografico che ha portato, tra le altre cose, alla riqualificazione della sala conferenze, al riallestimento della Sezione d’Arte Antica (2011) e alla creazione di un’area di accoglienza con bookshop (2014).