Il percorso del museo valorizza in particolare il periodo storico-artistico più importante della città, quello che va dal 1300 al 1400, con l’esposizione di opere provenienti dalla collezione civica, dalla Cattedrale di San Cerbone e da altre chiese cittadine, tra cui la Maestà di Ambrogio Lorenzetti dipinta su tavola, il Crocifisso ligneo e le sculture originali di Giovanni Pisano, le statue degli Apostoli e dei Profeti di Gano di Fazio, il Crocifisso di Pietro Lorenzetti.