L’oratorio fu costruito nel 1632 dal popolo crespinese sotto il patronato del marchese Manfredi Malaspina, ramo della nobile famiglia della Lunigiana, che all’epoca risiedeva nella località il Borgo di Crespina. Le pietre quadrate utilizzate per la sua edificazione furono recuperate dalla antica pieve diroccata di S. Giovanni in Val d’Isola a Botteghino.

L’edificio è stato restaurato nel 2008 con la supervisione della Soprintendenza dei Beni Artistici di Pisa.