Fu eretto nel 1502, in occasione del matrimonio fra Alfonso I d’Este e Lucrezia Borgia (figlia del papa Alessandro VI) e della conseguente annessione di Cento al ducato ferrarese, quale residenza dei commissari deputati al governo della città.

Fra il 1548 e 1550 l’architetto Francesco Giraldini realizzò, in eleganti forme classiche, la costruzione della Torre centrale, detta dell’Orologio.

Negli anni successivi (1589 e 1594) il palazzo fu restaurato e ampliato, con l’aggiunta della parete mer